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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿控制系统性通常见的的发病之五。肾团队中CaOx硫化锌过呈现饱和状态基性岩会造成肾小管肿瘤细胞挤压伤和凋亡,为了造成肾结石的变成。短链皮脂酸由肠子内好氧池螨虫食物发酵营养健康纤维棉引发,既在局布肠子深层中产生功用,而是在控制系统性程度上也产生至关重要功用。这当中,丁酸是最多样的短链皮脂酸,含有消除炎症和天然免疫缓和功用,本探索讨论丁酸对CaOx肾结石的功用还有不确定性靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院门诊泌尿美容外科吴忠硕士生导师、周子健硕士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠院士、周子健硕士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱动物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网路药剂学学服务于,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

小文章英文名称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 大家公司:华山医阮 实验目标:大鼠、HK-2癌细胞 排列数据:相较比较组(Con)、沙盘模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱展示水平:网洛药学学检查

思绪方案图

探究报告单

探析者关键在于引入大鼠实体模式工具,根据生理特点生化模式公式和组识疾病学染色法等探析手法出现丁酸需要减小CaOx实体模式工具大鼠肾CaOx结晶体的建立和拉伤,缓和CaOx实体模式工具大鼠的宫颈炎症拉伤和防氧化的物质的太过表答。还有就是,丁酸还抑制作用草酸诱发的HK-2上皮上皮细胞拉伤、防氧化的应激状态和上皮上皮细胞凋亡。 为探究性丁酸形式和靶dna数据资料表格表格系统信息,探讨一下员工从PubChem拿丁酸和丁酸酯的二维和三维空间形式(图1A)。经过PharmMapper数据资料表格表格库和Uniprot数据资料表格表格库开展处理后共筛分出113个丁酸靶dna供进那步探讨一下。将dna全部导到STRING数据资料表格表格库,开展PPI数据资料表格表格系统信息探讨一下。Cytoscape写出了编排的前20的核心靶dna的详细描述数据资料表格表格系统信息图,包涵CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。他们核心dna与数据资料表格表格系统信息中的的dna均核心表现出需要的各种一些关系,描述他们dna几率充分利用着携手功用。GO和KEGG探讨一下是因为了丁酸核心dna的各种一些行业和海洋分子生物技术学功能性(图1C)。核心dna核心与类固醇荷尔蒙回应、被氧化的应激化学反应性回应、活性酶类酶氧上皮细胞对类固醇荷尔蒙兴奋的生理想法与对弱酸性耐腐蚀碳氢化合物的生理想法关干。综上提出的提出的,他们核心dna核心进行了被氧化的应激化学反应性和对活性酶类酶氧的海洋生物技术生理想法工作,是肾结石确立制度中至关极为首要的行业,这是因为丁酸几率在肾结石中充分利用极为首要功用。

图1| 丁酸架构与靶染色体电脑网络分折(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进几步找寻丁酸对CaOx肾结石.切靶染色体,调查阐述师充分利用GEO数据信息文件库对GSE73680中营养健康相较比较与CaOx肾结石糖尿病人群的染色体不同之处来了调查阐述。相较比较组与CaOx结石糖尿病人群的重要性不同之处展示出来染色体(DEGs)塞查要求为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共选择到3783个染色体出现重要转变,其中的3379个(89.4%)染色体展示出来调整,404个(10.6%)染色体展示出来调低(图2A)。对DEGs来聚类分析法阐述阐述,热图表示了前10个被选中DEGs的二维上下分层聚类分析法阐述优点(图2B)。后来,调查阐述师借助GeneCards数据信息文件库人工客服电话认定了370个将会与CaOx肾结石涉及的染色体,排在前20位的预測染色体名词解释涉及性得分如下图如下2C如下。是为了找出丁酸诊治CaOx肾结石的要素靶点,调查阐述师将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及染色体治理能够好几个个Venn图。最终能够,CYP2C9被来确定为丁酸应响CaOx肾结石的内在靶点(图2D)。除此之外,调查阐述师还来了丁酸与CYP2C9的原子连通,CYP2C9的4个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸互为意义,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在回收利用系统药学学预测分析CYP2C9是丁酸会影响CaOx肾结石的靶基因遗传后,探析人群还进行组织体细胞科学试验否认了CYP2C9可降低了草酸引发的HK-2组织体细胞的ROS水准、炎症病变影响和凋亡。

图2| 大部分据库整合讲解预计CYP2C9是丁酸用于CaOx肾结石的靶基因组

科研然而

本探索最先得知丁酸在休外和胃中均能遏制性CaOx肾结石模型工具的防防氧化应激状态反应和支原体感染受损,很快在电脑网格临床药学学挑选收获丁酸决定CaOx肾结石的潜在性的靶点——CYP2C9,后面在人体细胞膜實驗证明CYP2C9在草酸盐引发的HK-2人体细胞膜ROS级别、支原体感染受损和凋亡。这得知证明丁酸可能在遏制性CYP2C9来遏制性CaOx肾结石的防防氧化应激状态反应,调低支原体感染受损。一项阶段中拜谱菌物保证了电脑网格临床药学学高技巧业务,虽然拜谱菌物可升高熟健全完善的遗传基因组学、蛋清质组学、排泄组学等两组学厂品及高技巧业务,追捧拨打电话在线咨询! 参考资料学术论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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