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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出很广的生态学几丁质酶，涉及抗淋巴肿瘤和抗病性毒角色。大部分，三萜是可以通过甲羟戊酸前提条件合出的，并从自然绿植的和真菌感染中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研文。该科研会发现三萜类有机化合物野生野生灵芝酸（GA）是能够流体陪养的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学制品生成引发的。借助转录组和血清质组学系统进一歩打磨无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT引发两大类野生灵芝粉酸（GA）的机理，并不同多个学系统加测到的不同之处人类基因和不同之处血清，估测DHT 生态学制品分解 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和能力总类

实行对无柄虫草病菌菌丝体实行转录组测序共有67230个转录本和1429九个单表观遗传。在这个单表观遗传中，495个被鉴定结论为差别把你想呈现出来表观遗传（DEGs），在但其中213个把你想呈现出来上涨，279个把你想呈现出来调低（图1A）。GO生物工程聚集数据解析后，DEGs可分成生物工程的时候中（BP）、人体上皮细胞基本成分（CC）和大分子功用（MF）3类。在BP类型中，造成了前两个子类型：抗生素类转化分解的时候中，醋酸钠盐分解的时候中和甲酸盐分解的时候中 ;而在CC类型中，人体上皮细胞外区、突触包覆体、突触组成是前两个亚类。而对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）灵可溶性、防氧化展现酶灵可溶性和酸氨（或酰胺）链接酶灵可溶性是前两个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路数据解析中，前30条生物工程聚集度最好的环路中含27条归属分解，在但其中甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解信息环路明显生物工程聚集（图1D）。

图1|转录成分析和效果分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利采用对无柄虫草白色念珠菌菌丝体实施核苷酸质组学定性分折，共有确认了16,457种个性肽、2606种核苷酸质和2588种一定量核苷酸质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求的条件下，我在这2606种核苷酸质中，94种被检验为异同展现出核苷酸（DEPs），这当中的52种上浮，42种再降（图2A），图2C屏幕上表现了异同展现出核苷酸的聚类分折法定性分折热图。从GO定性分折来讲，BP分类屏幕上表现，绝大绝对多数数DEPs积极参与乙酸盐来进行溶解组织分泌率具体步骤、抗生素类来进行溶解来进行溶解组织分泌率具体步骤和药品来进行溶解来进行溶解组织分泌率具体步骤。CC类DEPs在组织外区、过空气金属脱色物酶体和微体中比列高，空气脱色保存酶催化吸附性和甲酸脱氢酶（NAD）催化吸附性在MF类中DEPs的比列高（图2B）。与转录组成果差不多，KEGG环路定性分折屏幕上表现，不少DEPs在来进行溶解组织分泌率中生物工程制品丰度，这当中的3条最生物工程制品丰度的行业是光合生物工程制品中的碳统一、碳来进行溶解组织分泌率和MAPK电磁波环路（图2D）。与此同时，顺利采用定性分折GO数据文件库的CC对DEPs实施亚组织职位定位定性分折和注脚（图2E），DEPs常见匀称在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs生物工程制品合出的常见职位。

图2|蛋白酶质组的化学发光法浅析和职能验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转化成和相较比较组侯选DEGs和DEPs制成了维恩图，有20个差距表明方法dna（图3A）。对转录组和球高血清组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs完成聚类探讨法探讨，会发现mRNA和球高血清互相有13个调涨dna和3个调整dna，DEGs及其翻译英语的DEPs表明方法能力呈正涉及到的内容，通过Pearson的涉及到的内容因子探讨，在转录组和球高血清组互相论文检测到对比较高的涉及到的内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测后果提示，E组和C组18个DEGs的表达方法出能力性别差异更为明显，在其中9个为上浮DEGs，4个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达方法出趋势分析与转录类物质析后果一样。

图3|蛋白酶质组的酶联免疫法数据分析和的功能检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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